项目指导委员会作为水利部项目领导机构，主要职责是：
（1） 对项目实施进行指导、协调、监督和检查；
（2） 负责项目实施中重大问题的决策；
（3） 指导项目所获成果和经验在相关项目中的推广。
项目指导委员会秘书处作为指导委员会的办事机构，其主要职责是：
（1） 负责向指导委员会报告项目的执行情况及有关重大问题；
（2） 负责组织落实指导委员会的各项决定；
（3） 负责与英国DFID和世界银行及国内有关单位的联络与协调；
（4） 推荐与项目相关内容的中央级咨询专家和机构，指导项目省对地方咨询专家的推荐；
（5） 负责组织英国DFID和世界银行对项目的检查，组织项目的最后验收；
（6） 建议召开并组织承办指导委员会会议。
项目执行办公室作为项目的具体实施单位，其主要职责是：
（1） 负责组织项目的实施；
（2） 负责项目实施管理办法的起草，指导、监督和管理下级项目办的工作情况，定期（每半年）向指导委员会做出书面情况汇报；
（3） 负责编制项目的具体实施计划、资金使用计划、物资采购计划、出国考察培训计划，并报项目指导委员会审批。
（4） 负责项目实施的组织及对下协调工作，负责监督检查项目的有效实施；
（5） 负责赠款资金账户的管理，赠款资金的使用审核和资金管理；
（6） 组织接待世界银行和英国DFID官员对项目执行情况的检查；
（7） 负责组织、实施本项目国内、外的考察及培训工作；
（8） 审查项目报告，解决与项目实施有关的问题；
项目执行办公室根据项目实施管理的具体情况，制定相应的实施管理细则，并报项目指导委员会备案。
甘肃省作为项目的实施区，水利厅成立项目实施领导小组和项目办公室，负责组织、管理本省的项目实施工作，其主要职责是：
（1） 组织、指导和检查本省内项目实施工作；
（2） 按照项目实施计划及各子项目的要求，具体编制本省实施计划细则；
（3） 指导和协调示范工程建设，协助提供研究项目的有关信息；
（4） 指导并推荐本省内的咨询专家，协助处理咨询工作中的有关问题；
（5） 组织、指导和协调本省内的物资采购工作；
（6） 协助并组织本省内相关的国内外考察培训工作；
（7） 审查省内项目完成的项目报告，协调解决与项目实施有关的问题。
项目办公室可根据本省的项目实施管理具体情况，制定相应的实施细则，并报项目执行办公室备案。
